扁平疣最好的治疗方法要选择扁平疣处在什么期，如果处在病毒活跃期，比如突然扁平疣增多、发红、瘙痒，可以进行系统的治疗，如肌肉注射甘露聚糖肽、干扰素、胸腺肽，一般10天一个疗程。治疗效果是非常好的，绝大多数人可以消除大部分的扁平疣。如果是处于静止期，也就是很多年都没有变化在逐渐的增多，最好是选择系统和外用药物一起治疗。如果是这个扁平疣的皮疹10年如1日的没有变化，选择物理性的去除效果会更好。