慢性细菌性痢疾往往是在急性期没有得到有效的抗菌治疗，迁延不愈导致的。对于慢性细菌性痢疾患者依然是以抗生素抗菌治疗为主。对痢疾杆菌比较敏感的药物，主要是喹诺酮类药物，例如环丙沙星、诺氟沙星、左氧氟沙星等。另外也可以使用第三代头孢类抗菌素，例如头孢曲松钠，也可以考虑氨基糖甙类药物。这些药物对慢性细菌性痢疾患者可以使用，但是一定要在医生的指导下来用这些抗生素。长期使用抗生素可能会导致肠道益生菌群的失调，可能引起假性肠炎等并发症等。