小朋友的肾病综合征的原因也是因为肾脏局部的免疫炎症反应。儿童的肾病综合征也属于原发性肾小球疾病的范畴，目前来说，原发性肾小球疾病的发病机制尚未完全明确，但是研究表明，多数的肾小球疾病是免疫介导性炎症疾病。一般认为免疫反应是肾小球疾病的始动机制，在此基础上，炎症介质如补体、细胞因子、活性氧等参与，最后导致肾小球损伤，并产生临床症状。在肾小球疾病的慢性进展过程中，也有非免疫非炎症机制的参与；此外，遗传因素在肾小球疾病的易感性，疾病的严重性和治疗的反应方面也起到重要的作用。