激素治疗卵巢早衰是有一定副作用的，副作用主要包括恶心、呕吐、胸胀，不规则的阴道出血，另外激素类的药物长期服用会轻微的增加血栓以及乳腺癌的风险。但是如果在使用雌激素类药物之前，充分全面的评估身体，没有禁忌症，使用雌激素是利大于弊的。卵巢早衰的患者往往会出现低雌激素的症状，比如潮热、出汗、烦躁、失眠、抑郁、性欲减退、阴道干涩、反复泌尿系感染等等。长时间的低雌激素还有可能导致骨质疏松以及心脑血管疾病，充分权衡利弊之后，使用雌激素治疗卵巢早衰引起的症状是利大于弊的。