病原微生物导致尿道感染，多数是在身体抵抗力下降时，病原微生物在尿道内大量繁殖并导致尿道黏膜的炎症。而出现尿道分泌物增多或尿道流脓，排尿时尿道刺痛等一系列的临床症状。有的由于不洁的性关系，导致淋球菌、支原体、衣原体等进入尿道黏膜内，并大量繁殖出现淋病或非淋菌性尿道炎，通过性关系和传播的尿道炎症，称之为性传播疾病。还有大肠杆菌、分枝杆菌、葡萄球菌的通过体外进入尿道黏膜内，形成普通的尿路感染或尿道炎症。可通过尿道分泌物或脓液的病原体检查，找到引起尿道感染的病原学证据。