癫痫发作后头疼主要为预防性用药和治疗性用药（托吡酯和丙戊酸钠）。癫痫合并偏头痛的治疗关键是针对癫痫进行治疗，积极控制癫痫发作，尤其是儿童，可减少偏头痛发生。癫痫和偏头痛是两种不同的病症，但两者可能存在共同的发病机制， 因此，认为抗癫痫药物可以同时治疗两种疾病，如托吡酯和丙戊酸钠已被证实可用于偏头痛预防。有文献报道阿米替林治疗对癫痫发作后头痛有效。非甾体抗炎药(阿司匹林，扑热息痛)在紧张性头痛如发作后头痛效果较好，对偏头痛性的发作后头痛需要特殊镇痛药。一些发作后偏头痛的患者口服舒马曲坦（5-羟色胺受体激动药）有效。而服用一些抗癫痫药物（拉莫三嗪、左乙拉西担）可能出现药物不良反应，如头痛。癫痫和偏头痛都是发作性疾病，两者的发生有很多共同影响因素，如劳累、闪光刺激、睡眠剥夺、情绪，应注意避免。