男人小便的时候疼痛可能有两种原因，一是由于尿道综合征，也就是排尿时尿道痉挛，平滑肌收缩。患者可能会出现一过性排尿疼痛，等到排尿之后患者疼痛自然消失，不用过度担心，也无需特殊治疗。第二种原因是由于出现尿路刺激征，患者有膀胱炎或者尿道炎，也就是泌尿系统受到细菌的感染，导致炎症的产生，患者会有尿频、尿急、尿痛，甚至严重的患者会有血尿发生，要去泌尿外科就诊。检查尿常规，如果白细胞阳性，患者可以口服抗生素进行对症治疗。