龟头上起水疱，则可能的原因如下：1、机械性的刺激引起，如过度、频繁的手淫或者龟头过度摩擦，都可以导致局部形成水疱。水疱一般为单发，伴有局部的红肿、疼痛。2、如果龟头感染出现龟头炎，可以表现为龟头上有小水泡，如细菌、滴虫、真菌等感染，会出现龟头痒、红肿的表现，伴有红斑，红斑周围可有小水疱，伴有局部分泌物增多，需要进行相关分泌物的化验检查来进一步确诊。3、如果感染了疱疹病毒，可以出现龟头、包皮等部位的水疱，表现为簇状分布的小水疱，破裂以后可以产生糜烂，伴有局部的疼痛等。它通过性接触传播，如果有过不洁的性接触史时出现局部的水疱，则要考虑是否存在疱疹病毒感染，需要进行进一步的检查来确诊。