1、化学成分不同。黄水晶主要化学成分：二氧化硅，化学成分中含Si—46.7%，O—53.3%。由于含有不同的混入物而呈现多种颜色。紫色和绿色是由铁Fe2+)离子致色，紫色也可由钛Ti4+)所致，其他颜色由色心所致色。黄玉化学成分为Al2SiO4（F，OH）2，可含有LiBe、Ga等微量元素，粉红色托帕石可含Cr。斜方晶系，二轴晶，正光性。常见晶形柱状，柱面有纵纹。常见无色、淡蓝、蓝、黄、粉、粉红、褐红、绿色等颜色。玻璃光泽，透明。