肛瘘最好的治疗方法是手术治疗。肛瘘由内口、瘘管和外口组成。内口在肛管内肛窦处，只有将内口和瘘管手术彻底切除，创面逐渐愈合才能治愈。保守治疗只能暂时缓解症状，还会反复发作。外口间断的流出脓液，有时外口闭合，脓液会向周围组织间隙扩散，形成新的肛瘘，由简单性肛瘘变为复杂性肛瘘，给后期治疗带来困难。