治疗肠道菌群失调的药物有地衣芽孢杆菌、双歧三联活菌、双歧杆菌活菌制剂、二联活菌肠溶胶囊、双歧杆菌、乳杆菌三联活菌片等。健康人的胃肠道内寄居着种类繁多的微生物，这些微生物称为肠道菌群。肠道菌群按一定的比例组合，各菌间互相制约，互相依存，在质和量上形成一种生态平衡，一旦机体内外环境发生变化，特别是长期应用广谱抗生素，敏感肠菌被抑制，未被抑制的细菌而乘机繁殖，从而引起菌群失调，其正常生理组合被破坏，而产生病理性组合、引起临床症状就称为肠道菌群失调症。