婴儿肠炎的时候主要根据引起肠炎的病因用药，同时针对肠炎的症状给予用药，具体如下：一、病因用药，引起肠炎的病因大多数是消化不良、病毒或者细菌所引起，单独以消化不良为主时只需要对症给予治疗就可以，如是病毒引起可给予抗病毒口服液或利巴韦林颗粒进行治疗，如是细菌感染引起的肠炎可以口服头孢克肟或者阿莫西林颗粒等抗生素进行治疗。二、针对症状治疗，如给予止泻，有发热则给予退热治疗，止泻治疗常用的口服药物有醒脾养儿颗粒或者蒙脱石散等药物，同时可配合口服乳酸菌素颗粒或者妈咪爱等药物来调整肠道菌群，如果孩子有发热的症状，高热尤其体温≥38.5℃以上可给予口服退热药物进行治疗，低热状态下家长配合应用退热贴或者用温热水反复不断擦拭的方式，都可以起到很好的退热作用。