真菌用什么药杀最彻底，需要根据患者感染的具体情况进行选择。比如，如果患者是皮肤癣菌导致的皮肤表层的感染，或者浅部真菌病感染，这时候可以遵医嘱使用外用的抗真菌药膏，比如硝酸咪康唑乳膏、特比萘芬乳膏、复方酮康唑乳膏等，足已杀死真菌；如果患者是深部真菌病感染，一般需要口服抗真菌药物进行，比如可以在医生的指导下口服伊曲康唑、特比萘芬等；另外，有的真菌病可能需要特殊的药物治疗，比如孢子丝菌病，患者需要遵医嘱口服碘化钾进行治疗。