国家税务局实行中央、省、市县的垂直领导体制。1994年实行分税制改革时，将原来的税务局分设为国家税务局和地方税务局。民间有要求将国家税务局与地方税务局合并的呼声。国家税务局主要负责征收中央税以及中央与地方共享税等税收，地方税务局主要负责征收地方税等（详细分工略）。国家税务局与北京的国家税务总局是两个不同的概念。