衣原体检测阴性就是指没有感染衣原体的意思，也就是患者检测并没有检测出衣原体感染。当然这是指患者临床操作比较规范的情况之下，没有一些假阴性的情况之下。衣原体和支原体还有军团菌，三者合称为非典型致病菌。临床上非常容易导致常见的呼吸道感染或者一些泌尿道、生殖道的感染，都可以由衣原体感染造成。临床上对于衣原体感染的可以考虑用一些抗非典型致病菌的药物，最常用的药物就是大环内酯类的药物，比如临床常用的阿奇霉素。此外，临床上还可以考虑应用一些呋喹诺酮类药物，比如临床常用的一些左氧氟沙星或者莫西沙星，这样的药物一般对衣原体感染都有不错的效果。对于耐药菌临床上可以考虑做一些药敏试验，根据药敏试验的结果选择恰当的药物进行治疗。