更年期月经总不干净，主要原因是由于卵巢功能衰退造成的不规则出血，也有可能是子宫的一些肿瘤性疾病，如子宫肌瘤、子宫内膜病变，甚至子宫内膜癌变、宫颈病变、宫颈癌等等。所以应该积极查找原因，明确病因后对症积极治疗。建议到医院完善妇科检查、B超、宫腔镜、诊断性刮宫等，排除子宫内膜病变后，在医生指导下应用孕激素进行调理。