未经治疗的支原体感染常伴有并发症，男性常见的有附睾炎，多为急性单侧发生常与尿道炎并存；前列腺炎，多见于亚急性前列腺炎，慢性者可表现为无症状或会阴钝痛阴茎痛；赖特综合征表现为尿道炎，结膜炎，关节炎三联征，其他如直肠炎、眼红膜炎、强直性脊柱炎等。女性主要累及宫颈近半数患者无症状，有症状者易缺乏特异性，仅表现为白带增多，体检时可见宫颈水肿，糜烂等；尿道炎，可包括尿道口充血，尿频，甚至排尿困难等泌尿系统症状；还可以引起前庭大腺炎、输卵管炎、子宫内膜炎等等其他严重的严重的问题。