如果肛瘘疼得厉害，应当积极的前往医院肛肠科就诊，通过查体及辅助检查，明确是否存在瘘管堵塞等情况，必要时可以行CT或磁共振，积极的行手术治疗，原则是将肛瘘瘘管切开或切除，形成敞开的创面，促进愈合。可以根据肛瘘瘘管位置的高低，选择不同的手术方式，可以行瘘管切开术，将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长，使伤口愈合。还可以行肛瘘切除术，适用于低位的肛瘘，如果肛瘘瘘管位置比较高，可以行高位肛瘘切开挂线治疗。如果肛瘘合并肛周脓肿，还应当积极的行脓肿切开引流。