婴儿肛周脓肿的药物治疗一般在急性发作，而脓肿并未完全形成时，主要的药物使用为抗生素口服以及局部外用药物。可以口服头孢克洛，感染严重的可以静脉使用头孢呋辛、头孢曲松等等，局部也可以使用一些抗生素类软膏，比如百多邦或者一些中成药类的药膏；比如外敷鱼石脂软膏等等。但如果婴儿肛周脓肿局部脓肿已经形成，并且可以摸及明显的波动感，还是应该尽早切开引流，切开引流后，大多数的患儿会形成肛瘘，需要二次手术才能完全治愈。