肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗的原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术的方式有很多，应根据肛瘘内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。肛瘘瘘管切开术适用于低位肛瘘瘘管，在外括约肌深部以下，切开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现肛门失禁。肛瘘挂线疗法是利用橡皮筋的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法，此方法具有操作简单、出血少、换药方便、避免肛门失禁的优点。肛瘘切除术，适用于低位单纯性肛瘘，切开瘘管并且将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不给予缝合；如果创面较大，可以部分缝合、部分敞开，填入油纱布，使创面由底向外生长至愈合。肛瘘术后应注意换药，伤口敷料更换的好坏是保证手术成功的一个关键问题。