巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。药物治疗可选用非甾体类抗炎药，但是只能缓解痛经，不能改善生育功能。还可以使用避孕药、孕激素及米非司酮，都是作用于子宫内膜，使病灶萎缩或内膜蜕膜化，子宫内膜不脱落，减轻疼痛。 还可以使用Gnrh-a制剂，相当于药物性切除卵巢，从而闭经，减轻痛经。如果药物治疗后症状不缓解，巧克力囊肿较大，应行腹腔镜手术治疗。