治疗慢性肠胃炎，可以选择抗结核药物，氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等药物效果比较好。对症治疗可以选择益生菌，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等，或者是蒙脱石散等治疗。慢性肠胃炎包括结肠结核，溃疡性结肠炎，克罗恩病等。肠结核是由结核杆菌感染引起的慢性肠道炎症，可以选择抗结核药物治疗，疗程需要半年到九个月。溃疡性结肠炎和克罗恩病同属于炎症性肠病，是一种多病因引起的与自身免疫异常相关的慢性反复发作性的肠道炎症，可以选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗。