肺脓肿一旦确诊后，需要进行系统性的治疗，首先要使用有效的抗生素进行治疗，由于肺脓肿最常见的致病菌是厌氧菌，所以治疗肺脓肿时，抗生素要覆盖厌氧菌，例如青霉素，甲硝唑，奥硝唑，克林霉素，林可霉素等等。可完善痰培养的检查，根据药敏结果实验更换抗生素，其次要注意痰液的引流，包括体外引流和使用祛痰药物，常用的祛痰药物，包括了氨溴索以及桉柠蒎，乙酰半胱氨酸等等。经过上述治疗无效的情况下，可以考虑支气管镜介入的治疗，除局部给药外，还可以促进痰液引流，和明确肺脓肿是否合并了其他的疾病。