慢性腹泻的治疗主要包括两大方面：第一是病因治疗，比如感染性腹泻根据病原体进行治疗，乳糖不耐受症和麦角性乳糜泻，需要分别剔除食物中的乳糖或麦角类成分，高渗性腹泻应停止进食高渗性食物或药物，炎症性肠病引起的腹泻，给予氨基水杨酸制剂，糖皮质激素等。第二大类是对症治疗，主要纠正腹泻所引起的水电解质紊乱和酸碱平衡失调，严重的非感染性腹泻可以用适当的止泻药，止泻药主要有以下四大类：第一是起到收敛，吸附和保护肠黏膜的药物，常用药物有双八面体蒙脱石，临床称为思密达，还有药用炭等；第二是减少肠蠕动的药，有地芬诺酯，洛哌丁胺等，但这类药不能长期应用，会导致便秘，第三是抑制肠道过度分泌的药物，比如消旋卡多曲；还有一类是中药，比如盐酸小檗碱等。