生物发酵工程是一种将微生物生长和代谢过程应用于生物制品生产的过程。该过程利用微生物生长和代谢所产生的酶和代谢产物，将天然的生物体或其代谢物转化成有用的产品。

生物发酵工程涉及到生物反应器、微生物学、生物化学和分离技术等领域。通过对微生物的选材、培养条件和过程控制等方面的研究，可以提高生物转化的效率和产物质量，从而实现生产的经济性和可持续性。

生物发酵工程的应用十分广泛，包括食品、医药、能源、环保等多个领域。例如，利用发酵技术生产乳酸菌饮料、酱油、酸奶等食品；利用发酵生产抗生素、激素、酶和细胞因子等医药品；利用生物发酵生产生物燃料、生物降解剂和生物吸附剂等环保产品。