巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症的通俗说法，子宫内膜异位症是子宫内膜组织（腺体和间质）出现在子宫体外的部位，内症的基本病理变化为异位子宫内膜随卵巢激素变化而发生周期性出血，导致周围纤维组织增生和囊肿、粘连形成。内异症治疗的目的是抑制卵巢功能，阻止内异症的发展，药物治疗适用于有慢性盆腔痛、经期痛经症状明显，有生育要求及无卵巢囊肿形成者；采用的药物有口服避孕药、孕激素、孕激素受体拮抗剂，如米非司酮及抑那通。对于较大的卵巢巧克力囊肿建议手术治疗。