对于引起学校恐怖症的原因，大多数学者认为，年幼儿童与分离性焦虑有关，年长儿童才是真正的学校恐怖症。按照精神分析学说的理论，孩子拒绝上学与其说是害怕学校，不如说是害怕离开母亲，所以是一种担心分离的恐怖。行为学派认为学校恐怖是一种反应性及操作性学习行为，在恐惧事物的经历上学习而得。比如儿童遇到过分严厉的老师，在学校其他活动中的失败，挫折后产生强烈的情绪反应，因为害怕再次面对或重新体验这种痛苦，于是产生回避行为，宁愿呆在家里而拒绝去学校。 亲子关系不正常，引起分离性焦虑导致学校恐怖症常有四种情况；1.母亲是慢性焦虑患者，希望子女留在家里陪伴自己。2.孩子担心去学校后母亲会遭到不幸，因此，自己要求留在家中。3.孩子担心自己离开家后会受到意外伤害，觉得家里最安全故不愿去学校。4.父母害怕孩子在学校会遭到不测。学校恐怖症最直接的诱因常常是学习上的失败及孩子在家庭中发生了某种重大的变故。可以根据这些原因进行治疗。