肛窦炎的治疗，可口服抗感染药物或清热解毒中成药，如头孢类抗生素、中成药解毒消炎丸。伴有便秘者可口服麻仁丸或乳果糖，用1：5000的高锰酸钾溶液或清热利湿中药液熏洗坐浴，肛门外用痔疮栓和痔疮膏，并配合理疗，药物保留灌肠等。经保守治疗无效，肛窦内已化脓，伴有肛乳头肥大及皮下瘘，可采取手术治疗。