扁平疣的患者一般都没有必要口服抗病毒的药物。实际上抗病毒的药物治疗扁平疣并没有特殊的效果。在临床上治疗扁平疣的药物，主要是外用的各种制剂，比如阿达帕林凝胶，五氟尿嘧啶软膏，鬼臼毒素酊等。长期坚持涂抹，一般都可以起到治疗作用。对于部分免疫功能比较低下的患者，可以口服一些免疫调节剂，来增强免疫系统的功能。比如胸腺肽肠溶片，转移因子颗粒等，病程比较久，单纯的通过各种药物治疗，难以将病灶彻底清除的患者，可以进行液氮冷冻或者激光等物理治疗的方法治疗。