因为大多数的肝囊肿比较小，不会对肝细胞造成损害，也不会引起压迫症状。而且合并感染、出现囊肿出血或扭转的概率比较低，所以大部分的肝囊肿患者，通常没有明显的感觉和临床症状。如果肝囊肿增大，会使肝脏包膜的张力增高，肝脏包膜上的内脏神经对牵拉的刺激比较敏感，患者会出现肝区疼痛不适的症状。如果囊肿内出现了感染灶，或者囊肿出血，感染灶和血液会刺激腹腔内神经。如果囊肿比较大，发生扭转时，也会刺激肝包膜的神经，使患者产生症状。