甲状腺功能减退症的原因，有甲状腺疾病导致的甲减，也有垂体性疾病导致的甲减。在甲状腺疾病导致的甲减当中，常见的有慢性淋巴细胞性甲状腺炎、甲状腺全切或者是次全切手术后、甲状腺功能亢进症碘131治疗后、颈部疾病放射治疗后、亚急性甲状腺炎、缺碘性地方性甲状腺肿、碘过多、先天性甲状腺发育不全等等。在垂体性的甲状腺功能减退症当中常见的原因包括垂体肿瘤、垂体手术或者是放疗后、席汉氏综合症、先天性tsh异常等等。