引起肛门瘙痒伴疼痛的原因有很多，常见的有以下几种：一，如果患者既往有不洁性交史，肛周皮肤与肛管出现尖锐湿疣，局部出现凹凸不平的肿物，表面呈菜花状，有时溃烂化脓，会引起局部瘙痒，有时还会有恶臭味，混浊浆液，触之伴疼痛。二，如果患者存在肛周湿疹，粪便或者黏液流至肛周皮肤，容易导致局部刺激感染，有时会导致放射状的皲裂，引起肛门周围瘙痒伴疼痛。三，如果患者存在肛裂排大便时，由于肛门括约肌痉挛收缩，还会引起剧烈的疼痛，有时粪便刺激创面导致瘙痒。