连花清瘟胶囊上市后的不良反应报告显示，偶有患者服药后出现恶心、呕吐等胃肠道反应，饭后服药可以降低不良反应的发生率。极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。由于药中含有麻黄，运动员慎用。连花清瘟胶囊属于非处方类中成药，用药前需要仔细阅读药品说明书，按照说明书推荐的剂量和疗程辨证使用比较安全。患者大都耐受性良好，副作用较少，且症状大都轻微，停药后一般症状可以消失。此药药性寒凉，风寒感冒者不适合使用。过量或者长期服用会增加不良反应的发生频率和程度，服药三天症状无缓解，应去医院就诊。