霉菌性龟头炎临床用药主要以抗真菌的药物治疗为主，首先应该保持局部皮肤的整洁卫生，有分泌物的话应该及时清理，用碘伏常规消毒之后，用1比5000的高锰酸钾溶液浸泡阴茎，然后可以涂抹克霉唑软膏，或者是特比萘芬软膏进行治疗。此外，在治疗期间，个人内衣应该用热水煮沸消毒，之后日光暴晒个人的用具，此外个人内衣、个人用具单独使用，避免造成交叉感染。同时性生活对方检查一下是否有霉菌性的阴道炎，夫妻同时治疗。