肛门里面疼首先应该查明疾病类型，根据疾病类型采取适当的治疗措施。如果患者感觉肛门里面疼，可有很多疾病引起，其中包括肛裂、肛周脓肿、痔疮等。（1）肛裂：患者最常见的症状为：排便时肛门疼、出血或便秘。本病通常以非手术治疗为主，可用软化大便的药物，如润肠通便的药物，益生菌等。再者可以通过调整饮食，防止便秘。（2）肛周脓肿：肛周持续性剧烈疼痛，并且呈现逐渐加重的趋势。如果脓肿不是很严重，症状很轻微，可采取保守治疗，外用药物金黄膏、玉露膏等。对于症状比较严重的脓肿，可进行切开引流排脓。（3）痔疮：主要症状为便血，一般在合并血栓或者炎症时会出现疼痛的症状。可进行保守治疗，口服静脉曲张的药物；或者进行注射治疗；必要时可采取手术治疗。