伤寒患者的药物治疗最主要的为病原学治疗。病原学治疗首选第三代喹诺酮类药物，包括氧氟沙星、左氧氟沙星、环丙沙星等。如果患者存在有喹诺酮类药物的使用禁忌证，如孕妇、儿童、哺乳期妇女建议应用第三代头孢菌素，如头孢曲松、头孢哌酮等药物。伤寒治疗要达到足疗程后再停止用药，以防止出现疾病的复发。另外，除了病原学治疗，伤寒可以对症治疗。如果患者出现腹泻症状，可以使用蒙脱石散止泻。如果出现便秘，可以使用生理盐水或者是甘油灌肠来改善。如果患者发热，可以使用布洛芬、对乙酰氨基酚降温。