发生在尿道内的尖锐湿疣可以酌情选用物理疗法来清除疣体，常用的治疗方法有液氮冷冻术，二氧化碳激光手术治疗等等。除此之外，还可以联合光动力疗法来治疗，光动力疗法可以清除潜在的HPV病毒，从而达到治疗目的，并且可以减少复发的几率。尿道内的尖锐湿疣患者还可以联合药物治疗，常用的是抗病毒药，比如阿昔洛韦，伐昔洛伟，外用的药物可以使用干扰素凝胶。在治疗期间患者要注意休息，避免劳累，饮食方面尽量避免食用辛辣刺激性的食物。