男士尿道疼原因如下：一、尿道炎，比如淋菌性或者是非淋菌性尿道炎，由于不洁性生活所引起，会引起尿道疼痛、尿道瘙痒、尿道口分泌物增多等症状，严重时还会影响到男性生育能力。二、尿道疼痛还可能为外伤因素所引起，比如阴茎部位遭受了外伤或者是性生活时用力较大会导致尿道内软组织损伤，在排尿时就会出现尿道疼痛症状。