治疗巧克力囊肿的药物包括孕激素类的药物达那唑、孕三烯酮或者是促性腺激素释放激素激动剂。药物治疗时有时会出现低雌激素血症引起的潮热、出汗、外阴及阴道的干涩、性欲减退和骨质丢失，长期用药时可致骨质疏松，为预防低雌激素血症和骨质疏松，可采用反向添加的方法。如果口服药物时有肝肾功能的损害，还需要定期的进行相关血液的检查。药物治疗时需要定期复查，了解囊肿大小变化情况。如果药物治疗效果不佳时，可以选择手术治疗。