肛瘘在诊断明确以后，最好的治疗方法还是需要通过手术进行治疗。轻度的肛瘘一般是低位的单纯性的肛瘘，可以直接的进行内口的切除以及瘘管和外口的切除，相对来说手术创伤小，而且术后恢复快。如果肛瘘得不到及时的治疗，溃口一直存在，那么会有反复的溃口的流脓和流水，可以刺激肛门周围的皮肤出现潮湿、瘙痒、刺痛的症状。肛瘘如果治疗不及时，还可以会进一步的发展，发展成高位的肛瘘或者是复杂性的肛瘘。如果发展成了高位复杂性的肛瘘，那么手术的创伤容易增加，并且会增加术后的恢复时间，并且还会增高术后的复发率。