六味地黄丸的副作用主要是影响脾胃运化功能，损伤脾胃阳气造成消化不良。针对平时脾胃不好、胃肠道有症状的人群，服用后可能会因为六味地黄丸的寒凉、滋腻之性影响脾胃运化功能。另外也有可能损伤脾胃阳气，从而出现消化不良的症状，比如胃胀、胃痛、腹胀、嗳气、反酸、大便溏薄等，严重的也可能会出现恶心、呕吐的症状。如果是脾胃虚弱的人群而且同时伴有肾虚症状，在服用六味地黄丸时可以一同服用健脾胃的药物，比如参苓白术散、人参健脾丸、补中益气丸等，可以在一定程度上缓解六味地黄丸带来的副作用。