龟头上长小水疱可考虑是疱疹病毒感染或龟头炎的情况，往往是两种原因：一、疱疹病毒感染，感染以后可以出现龟头或包皮等部位的小疱。小疱体积较小，通常呈簇状分布，伴有周围的红肿小疱，破溃以后可以出现局部的糜烂，伴有明显的疼痛感，其后可逐渐结痂愈合。需要进行疱疹病毒的相关检测确诊。二、龟头炎，当发生各种类型的龟头炎，如真菌、细菌、滴虫等感染后，都可以出现龟头上有小疱。需要进行相关病原学的检测确诊。患者多伴有包皮过长或包茎，或不经常清洗局部导致包皮垢堆积。