肛窦炎的症状通常表现为疼痛，有时会有灼热、刺痛，排便时因粪便压迫肛隐窝，可使肛门部疼痛加重，初期不甚剧烈，数分钟内可消失。若肛门括约肌由于炎症刺激引起疼痛，有时肛窦炎还会导致肛门潮湿，分泌物刺激肛周的皮肤引起瘙痒。急性期常常伴有排大便困难，粪便常常带有少量粘液，通常在排便前流出，有时伴有少量的便血。由于肛窦炎多合并肛乳头瘤，如果肿物体积增大，拖出后不能够还纳，还会出现嵌顿，有时粪便刺激还会导致疼痛难忍，分泌物刺激肛周的皮肤，还会引起肛周潮湿瘙痒。