卵巢囊肿的类型有多种，不同的类型用药不同，应在医生指导下对因治疗。若为生理性卵巢囊肿，不需要药物治疗可自然消失。若为病理性卵巢囊肿，用药需先判断是哪种类型的囊肿，并结合患者年龄，是否有高血压心脏病等基础疾病，是否对生育有要求来选择最适合患者的药物。如单纯性的卵巢囊肿，无需处理，定期到医院复诊检查囊肿变化情况即可。如卵巢巧克力囊肿的治疗，可以用一些调节月经周期的药物，也可以用激素类的。对于炎性包块和囊肿或盆腔的脓肿，最好的药物是用抗生素来控制炎症。