肛周脓肿最主要的治疗办法是选择手术，进行充分地切开以及引流。在围手术期间，还需要配合抗感染治疗。也可以选择口服药物，比如应用头孢菌素甲硝唑等。但是前提是没有过敏史，而在术后也需要对症进行换药。因为肛周脓肿这种疾病，也很容易复发或者形成肛瘘。