牛黄上清丸的副作用暂不明确，少数患者在服用本品后会有胃肠道不适及皮肤过敏反应。牛黄上清丸清热泻火的功效较强，方中含有大黄、黄连、黄柏、黄芩等性味苦寒的药物，部分脾胃功能较差的患者在服用本药后可能会出现腹痛、恶心、呕吐、腹泻等胃肠道不适的症状。另外，少数对本药药物成分过敏的患者可能还会出现药物性皮疹、皮肤瘙痒等反应。牛黄上清丸需要在专业中医医师的指导下用药，用药期间要注意观察患者的病情变化，如出现较为严重的不适反应时，则需要及时前往医院进行对症治疗，防止因延误病情而导致其临床症状逐渐加重。孕妇慎用，儿童、哺乳期妇女、年老体弱及脾虚便溏者应在医师指导下服用。服药3天症状无缓解，应去医院就诊。