治疗慢性腹泻主要保持良好的饮食及生活习惯，避免引起腹泻的诱因，慢性腹泻的患者要注意饮食清淡易消化，避免油腻，油炸，生冷，辛辣，刺激，过甜，过酸等不容易消化的食物，忌浓茶，烟酒，咖啡等等，避免腹部受凉。对于慢性腹泻的治疗以口服药物治疗为主，主要包括调节肠道菌群失调，肠功能紊乱的肠道益生菌类药物，收敛止泻的药物，抗炎的药物，必要时还应当应用纠正电解质紊乱的药物以及止血的药物等等。要注意预防电解质紊乱，脱水以及便血，营养不良等并发症的出现，注意定期复查肠镜，排除肠道的恶性病变。