目前临床上没有能够消除肝内胆管结石的药物。针对肝内胆管结石出现的症状可以选择止痛药、退烧药对症治疗，也可以选择消炎利胆药物进行治疗。肝内胆管结石唯一的治疗方法是手术治疗。手术治疗可以去除肝内胆管结石，其中包括肝切手术、胆管切开取石术以及胆肠吻合术。目前手术多采用腹腔镜，或者机器辅助下的腹腔镜进行，相对于传统手术恢复较快，并发症较少。