苯扎氯铵可以用于清洗龟头，通常建议用0.05%浓度的溶液，因为浓度过高有可能会对龟头产生比较强的刺激性。如果只是普通的清洁，可以进行冲洗。如果是包皮、龟头发炎，可以进行浸泡，浸泡的时间一般3-5分钟即可，每天2-3次。但由于溶液在包皮龟头表面附着时间比较短，因此建议配合使用抗生素或者抗真菌的乳膏进行涂抹，这样效果会更好。苯扎氯铵除了用于清洗生殖器黏膜，也可以进行皮肤的消毒，一般使用0.1%的溶液。创面消毒一般使用0.005%-0.01%的溶液。阴道的灌洗或者是膀胱尿道的灌洗，通常可以使用0.005%以下的溶液。手术前浸泡、洗手，一般可以用0.05%-0.1%的溶液，浸泡5分钟。