医院检查肛门，首先是进行相关病情的问诊。然后一般需要先做肛门指诊。肛门指诊为医生带上手套，涂上润滑油，进行肛门外和肛门内的触诊，这样可以初步明确肛门及直肠下段相关病情，必要时还要完善肠镜检查。肠镜可以在直视下对直肠和整个结肠进行检查。同时，对有问题的地方还可以取病理化验，病理才是诊断疾病的金标准。当然，还有一些常规的其他检查。包括肛门腔内彩超，肛管压力测定等等。需要根据临床的不同情况而进行选择。